Academiegebouw ligger ved indgangen til den botaniske have og anvendes typisk til ceremonier, så som opnåelse af en universitetsgrad, forsvar af doktordisputatser m.m.
Bygningen er fra 1516 og blev opført som kloster, men efter 65 år blev den del af Leiden universitet. Hvis man er heldig kan stadig komme ind og se trappen op til Zweetkamertje, svedelokalet, på første sal. Før i tiden skulle kandidaten vente her før sin doktorafhandling, men nu skriver alle, der har opnået en universitetsgrad eller en æresdoktorgrad i Leiden sin underskrift på muren. De mest berømte er indrammede og tilhører bl.a. de kongelige, Winston Churchill og Nelson Mandela. Kultegningerne ved trappen er oprindeligt lavet i 1865.
Ved indgangen til bygninger ses et bevis på, at man beherskede kunsten at bygge med sten!